$mots = $_POST['search'];

// On transforme la chaine de recherche en tableau, c'est plus facile a jouer avec.
$mots = explode(' ',$mots);

// On vire tout ce qui a moin de 3 caractères
foreach($mots as $k=>$v) { if (strlen($v) <= 3) unset($k) }

$q = mysql_query('SELECT ref FROM table WHERE mot IN (\''.implode('\',\'',$mots).'\')') or die(mysql_error());
$r = mysql_fetch_array($q);

var_dump($r);