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apt-get update - Execute este comando se você mudou o /etc/apt/sources.list ou /etc/apt/preferences. Também execute-o periodicamente para ter a certeza que sua lista de fontes fique sempre atualizada.
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apt-get install nome_pacote - instala um novo pacote (veja também aptitude, abaixo)
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apt-get remove nome_pacote - remove um pacote (os arquivos de configuração não são excluídos)
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apt-get --purge remove nome_pacote - remove um pacote (os arquivo de configuração também sçao excluídos)
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apt-get upgrade - atualiza todos os pacotes instalados
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apt-get dist-upgrade - atualiza o sistema todo para uma nova versão