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\fancyfoot[C]{Page \thepage}

\date{Session 2005-2006}
% Title Page
\title{Modélisation, Optimisation, Complexité et Algorithmes}
\author{KRAFT Benjamin}

\setcounter{tocdepth}{12}
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\makeatletter
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\gdef\verbatim{\catcode`\^^I=\active\def^^I{\hspace*{2em}}%
\@verbatim \frenchspacing\@vobeyspaces \@xverbatim}}
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%-----------------------------------Premiere page----------------------------------------------------------
\begin{document}
\maketitle
\tableofcontents{}
@@%\pagebreak %unnecessary
%----------------------------------------------------------------------------------------------------------
\chapter{Définitions sur les graphes}
@@%\pagebreak perhaps something like titlesec package?
\section{Graphes orientés}
\subsection{Définition d'un graphe orienté}
@@Un graphe orienté est défini par le doublet $\langle X,U\rangle$ où:
\begin{itemize}
@@\item $X$ est l'ensemble des sommets du graphe
@@\item $U$ est l'ensemble des arcs du graphe 
\end{itemize}
\subsection{Exemple de graphe orienté}
\begin{figure}[ht]
\begin{center}
@@   \includegraphics[scale=0.5]{Schemas/EPS/01} #no extension graphicx will figure it out, might want to change directory to figures
\caption{\label{01}Exemple de graphe orienté.}
\end{center}
\end{figure}
$\begin{aligned}
X &= \left\lbrace1, 2, 3, 4, 5\right\rbrace \\ 
U &= \left\lbrace u_{1}, u_{2}, u_{3}, u_{4}, u_{5}, u_{6}, u_{7}, u_{8}, u_{9}\right\rbrace
\end{aligned}$
\subsection{Définition d'un chemin}
@@Un chemin est défini par une liste de sommets $\{(1,2,\ldots,k)\}$
@@%or, since you are using amsmath $\{(1,2,\dotsc,k)\}$ see amsldoc.pdf
tel qu'il existe un arc de chaque sommet vers le suivant.
\subsection{Exemple de chemin}
\begin{center}
@@Voir la figure~\ref{01} à la page~\pageref{01}
\end{center}

[snip]

\end{document}