просто если текущее ядро видит диск как /dev/hda а я поменяю в fstab 
>все на /dev/sda то насколько я понимаю текущее ядро будет пытаться 
>подмонтировать разделы как /dev/sda ? возможно я что-то не понимаю 
>тогда прошу мне обьяснить.

Все верно.

1. Приготовить два файла fstab (fstab.hda и fstab.sda)
2. В /etc/init.d есть скрипт mountall.sh в начале скрипта вставить
   строки проверки с каким ядром грузимся.
   Например:

if /bin/grep -q 'root=/dev/sda' /proc/cmdline; then
    cp /etc/fstab.sda /etc/fstab
else
    cp /etc/fstab.hda /etc/fstab
fi