Tengo instalado actualmente:
samba-3.0.25a,1
samba-libsmbclient-3.0.25a_1

Tengo instalado el samba con soporte para quota:
# make config
Options for samba 3.0.25a_1,1
[X] LDAP                With LDAP support
[X] ADS                  With Active Directory support
[X] CUPS                With CUPS printing support
[X] WINBIND          With WinBIND support
[X] ACL_SUPPORT  With ACL support
[X] QUOTAS           With Disk quota support
[X] UTMP               With UTMP accounting support
[X] POPT                With system-wide POPT library


Usando el manual
http://www.freebsd.org/doc/en_US.ISO8859-1/books/handbook/quotas.html

Active el soporte de quotas en el kernel con esta opcion

# Custom kernels

options         QUOTA


En el /etc/rc.conf tengo esto:

# Activamos QUOTAS
enable_quotas="YES"
#check_quotas="NO"

Edite el /etc/fstab y especifique en que particiones quiero el quotas

# Device                 Mountpoint      FStype   Options         Dump    Pass#
/dev/da0s1b            none                swap      sw                  0           0
/dev/da0s1a            /                       ufs         rw                   1           1
/dev/da0s1e            /tmp                ufs         rw                    2           2
/dev/da0s1f             /usr                 ufs         rw                    2           2
/dev/da0s1d            /var                 ufs         rw                    2           2
/dev/acd0                /cdrom            cd9660  ro,noauto         0           0
/dev/acd1                /cdrom1          cd9660  ro,noauto         0           0
/dev/da1s1d            /home/hd1      ufs         rw,userquota   0           0
/dev/da2s1d            /home/hd2      ufs         rw                     0          0



Luego de tener instalado el nuevo kernel, de tener los archivos configurados y reiniciar...

trato de activar o parar el servicio asi:

Iniciarlo (por si no arranco al inicio)
alpha# quotaon -a
/home/hd1: not mounted
alpha#

pararlo (por si ya estaba iniciado)
alpha# quotaoff -a
/home/hd1: not mounted
alpha#

Segun el mensaje "/home/hd1: not mounted" es como si esa particion no estubiera montada, pero efectivamente lo esta

alpha# cd /home/hd1
alpha# ls
.Trash-0        CD-ROM3         documentos      k3b             tmp
.snap           apps            fonts           musica          unix
.thunderbird    backups         grupos          programas       usuarios
CD-ROM          db              ibope           public
CD-ROM2         distfiles       images          root
alpha#